Madrasah Al Husna dirintis dan dipelopori pembangunannya oleh Almarhum KH. Muhasan bin Saadi pada tahun 1959 di atas tanah milik Almarhum seluas 263 M2. Sebelum mendirikan madrasah ini Almarhum telah menyelenggarakan pengajian secara tradisional bagi anak-anak, remaja, dan orang dewasa yang bermukim di wilayah yang dahulu disebut sebagai daerahPancoran dan Kuningan serta Tegal Parang.Tempat pengajian tersebut didirikan diatas tanah miliknya yang letaknya sekitar 300 Meter dari lokasi Madrasah Al Husna yang sekarang.Sekitar tahun 1958, tanah tempat pengajian tersebut terkena proyek pembangunan perumahan Pertamina. Oleh karena itu, tempat pengajian itu di pindahkan ke lokasi yang sekarang dan metode pengajian tersebut di tingkatkan menjadi sistem pendidikan madrasah, walaupun kegiatan pengajian tetap dilakukan secara individual oleh Almarhum.

Sekitar tahun 1960, bangunan madrasah diperbaiki dan di perluas seperti sekarang yang peletakan batu pertamanya dilakukan oleh Almarhum KH Abdullah Syafii'e, pimpinan Pesantren Assafiiyah, Bali Matraman Jakarta Selatan. Seiring dengan kebutuhan pendidikan agama dan pendidikan umum masyarakat didaerah Menteng Dalam dan Kuningan, Madrasah ini terus berkembang sampai mencapai puncaknya pada sekitar tahun 1995.

Sistem pengajaran dan pendidikan serta kurikulum yang diterapkan di Madrasah ini selalu mengikuti kebijakan di bidang pendidikan Madrasah yang ditetapkan Pemerintah (Departemen Agama), sehingga para lulusannya dapat melanjutkan ke jenjang pendidikan yang lebih tinggi, baik sekolah-sekolah keagamaan maupun sekolah-sekolah umum.